Σύμφωνα με το επικαιροποιημένο Προεδρικό Διάταγμα (Π.Δ.) που κρίθηκε νόμιμο από το Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ), όλες οι υπηρεσίες του Λιμενικού περιέρχονται στην ευθύνη του νεοσύστατου υπουργείου Θαλασσίων Υποθέσεων.
Όπως αναφέρεται στη γνωμοδότηση του ΣτΕ, με τις αλλαγές που επήλθαν στο ΠΔ από το έγγραφο του πρωθυπουργού το Λιμενικό Σώμα και οι υπηρεσίες του μεταφέρονται στο Υπουργείο Θαλασσίων Υποθέσεων.
Αντίθετα, με το αρχικό διάταγμα το Λιμενικό Σώμα υπαγόταν μεν στο υπουργείο Προστασίας του Πολίτη, αλλά οι αρμοδιότητές του ήταν μοιρασμένες μεταξύ υπουργείου Θαλασσίων Υποθέσεων και Προστασίας του Πολίτη.
